おそらく原因は、メールイベント、データベースイベント（DB->update）に関するウエイトインターバルあたりなんだろうと思われます。
XOOPS側でSMTPメールやPHPメールのsendmail関連の処理と、解答結果データベースのアップデート更新作業が、お使いのサーバに対しては処理が速すぎる（サーバが遅れている）ために発生する問題のようにお見受けします。

メール送信の部分と、データベースイベントを、それぞれチェックサムなどをサブに用意して確実に伝送データのチェック構文を搭載すれば確実なんだと思いますが、
メールにキューされる間にＳＱＬ側が処理スタックを生じさせているものと思います。（お使いのサーバの仕様と、当XoopsHP側にサーバサイド応答における伝送チェックが搭載されていないことが原因）

メール送信を外部メールサーバ（XOOPS側）にＳＭＴＰでリレーさせてみるとか、sendmailに以下のようなヘッダーを追加してみるとか、いろいろサーバ側の設定で「処理応答を向上安定させる」という手法もあるでしょうが、それでもサーバー応答が遅ければ再発することでしょう。
/usr/sbin/sendmail -f [メールアドレス非表示]

もっと時間をかけていろいろな機能拡張や安定性などもアップデートしたいものですが、なにぶんにも業務用商用アプリサービスとして提供しているわけではございませんため、またこうした不景気ですから寄付もありませんので、個人でボランティアにコミットできる時間も取れません。
現在はXoopsHPプロジェクトはこちらは休止していますが、また寄付などが増えることによって、プロジェクトを再開したいと夢見ております。

さしずめ、メルパコミュニティだけでも盛り上がって、寄付ないし通販商品の注文でもくれば、こちらもいろいろボランティア開発にもコミットできるものですが‥‥‥

メルパコミュニティはGoogleアドワーズなどの商用広告を掲載していない、完全なクリーンで純粋な健全なサイトなので、広告収益をとっていませんから、寄付や通販で微々たる経費しか得ておりません。

XOOPSイーラーニング構想は完成させたい夢でもありますので、長い目でのんびりお待ちくださいませ。