自己レスです。

バーチャルホストをひとつ準備し、Xoops本体（2.0.13a JP）を新規にインストールして動作確認してみたのですが、おなじ結果でした…。あと考えられるのは、Apcheのバージョンの違い（1.3系と2.0系）による細かな仕様の違いでしょうか。こっちのほうはバーチャルホストでどうにか出来る問題でないので、困ってます…。もうちょっと悩んでみます。

改めてココにも書いておきます。
わたしの環境は

Xoops本体 2.0.13a JP
XoopsHP 1.05
MySQL 3.23.58
Apache/2.0.52　→ 2.0.53 （今日更新しました）
PHP 4.3.11

です。