なるほど・・ダウンロードされた内容は、差分パッケージ版のようですね。
たぶん、前作1.8Ｊからの差分しか同梱していなかったのかも知れません。
新しいパッケージ「フルバージョン」で、差し換えておきますね。

再度ダウンロードしてお使い下さい。

＜新しいフルバージョン＞
「WebMail_J1.9.tar.gz」を解凍すると
WebMail_J1.9フォルダが展開されます。

この「WebMail_J1.9」フォルダには、モジュール「WebMail」が入っています。
このモジュール「WebMail」を開くと、モジュールパッケージがあります。

compose.php
contactbook.php
copying.txt
decodemessage.php
download.php
gettype.php
images
settings.php
sql
system_blocks.php
tmp*****
xoops_version.php
inbox.php
index.php
language
libmail.php
admin
attachments*****
cache*****
catch_clr.php
class.rc4crypt.php
readmail.php
readme-EUC-JP.txt
readme.txt
mailattach.php
mailheader.php
nlmail.php
pop3.php

以上が含まれており、ここに該当のフォルダがあります。

モジュールは、前作者、前々作者のものを参考に、かなりの変更を施してありますので、ご質問にありました「上書きして・・・」という方法では、正しく動作しない場合がありえるかも知れません。

これまで公開していた「WebMail_J1.9」は、WebMailバージョン1.6〜1.8の改良差分です。（今回フルパッケージに切替えました。WebMail_J1.9フル）

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